电子商务发展的真正突破是B2B的电子商务，即企业对企业的电子商务，是在上下游企业之间从事的网络商务活动，是网络经济的基础。从参与企业的数量、涉及的金额、交互信息的规模上来说，B2B都将成为电子商务的主体。在这种环境下，企业不仅要协调企业内计划、采购、制造、销售的各个环节，还要与包括供应商、承销商等在内的上下游企业紧密配合。
B2B模式的电子商务面向企业整个供应链管理，并带来了供应链的变革，使企业降低交易成本、缩短订货周期、改善信息管理和提高决策水平，从质量、成本和响应速度三方面改进企业经营，增强企业竞争能力。
B2B电子商务模式带来了企业价值链的变革
供应链（Supply Chain）由波特的价值链理论（Value Chain）发展而来。波特指出，任何一个组织均可看作是由一系列相关的基本行为组成，这些行为对应于从供应商到消费者的物流、信息流和资金流的流动。
波特的企业价值链是面向职能部门的，资源在企业流动的过程就是企业的各个部门不断对其增加价值的过程。但随着全球性竞争的日益剧烈、顾客需求的快速变化，采用劳动分工、专业化协作作为基础的面向职能的管理模式正面临着严峻的挑战，它将企业业务流程割裂成相互独立的环节，关注的焦点是单个任务或工作，但单个任务并没有给顾客创造价值，只有整个过程，即当所有活动有序地集合在一起时，才能给顾客创造价值。哈佛大学的哈默博士于1990年提出的企业流程再造（BPR，Business Process Reengineering）指出：企业的使命是为顾客创造价值，能够为顾客带来价值的是企业流程；企业的成功来自于优异的过程业绩，优异的过程业绩需要有优异的过程管理。B2B的电子商务模式采用了以顾客为中心、面向过程的管理方法，提高了对顾客、市场的响应速度，注重整个流程最优的系统思想，消除了企业内部环节的重复、无效的劳动，让资源在每一个过程中流动时都实现增值，以达到成本最低、效率最高。B2B带来了企业价值链的变革。
B2B电子商务模式引起企业供应链的变革
企业内部存在着物流、信息流、资金流的流动，企业与企业之间也存在着这样的流动关系。在日趋分工细化、开放合作的时代，企业仅仅依靠自己的资源参与市场竞争往往处于被动。必须把同经营过程有关的多方面纳入一个整体的供应链中，这样每个企业内部的价值链就通过供应关系联系起来，成为更高层次、更大范围的供应链。供应链管理就是把这个供需的网络组织好。但传统的供应链管理仅仅是一个横向的集成，通过通讯介质将预先指定的供应商、制造商、分销商、零售商和客户依次联系起来，这种供应链只注重内部联系，灵活性差，仅限于点到点的集成。这样成本高、效率低，而且供应链的一个环节中断了，则整个供应链都不能运行。
B2B的电子商务模式弥补了传统供应链的不足，它不仅局限于企业内部，而是延伸到供应商和客户，甚至供应商的供应商和客户的客户，建立的是一种跨企业的协作，覆盖了从产品设计、需求预测、外协和外购、制造、分销、储运和客户服务等全过程。居于同一供应链的厂商之间不再是零和，而是双赢。B2B的电子商务模式带来了供应链管理的变革。它运用供应链管理思想，整合企业的上下游的产业，以中心制造厂商为核心，将产业上游供应商、产业下游经销商（客户）、物流运输商及服务商、零售商以及往来银行进行垂直一体化的整合，构成一个电子商务供应链网络，消除了整个供应链网络上不必要的运作和消耗，促进了供应链向动态的、虚拟的、全球网络化的方向发展。它运用供应链管理的核心技术——客户关系管理（CRM），使需求方自动作业来预计需求，以便更好地了解客户，给他们提供个性化的产品和服务，使资源在供应链网络上合理流动来缩短交货周期、降低库存，并且通过提供自助交易等自助式服务以降低成本，提高速度和精确性，提高企业竞争力。
B2B电子商务模式促进了企业三个层次的过程再造
在企业供应链上，信息、物料、资金等要通过过程才能流动，过程决定了各种流的流速和流量。为了使企业的过程能够预见并响应内外环境的变化，企业的过程必须保证资源的敏捷畅通。因此，要提高企业供应链管理的竞争力，必然要求企业过程的再造。对于B2B的电子商务，这个变革已不仅限于企业内部，而是要把供应链上的所有关系企业与部门都包括进来，是对整个供应链网络上的企业过程再造。
B2B电子商务模式的有效实施，关键是供应链在企业内外是否有效衔接、企业内部供应链的信息系统是否与企业内部的业务系统如ERP、CRM等有机结合在一起。如果没有好的ERP，企业就无法及时掌握自己各类原材料和成品的库存情况以及采购到货情况，网上订单将得不到自动确认，必然会影响企业对市场的响应速度；如果没有好的CRM，客户要求和个性化服务无法得到有效及时的处理，必然会影响企业对最终用户的响应速度；这样供应链在企业内外不能有效衔接。要解决这个问题就必须对企业进行三个层次的企业过程再造（BPR）：职能机构内部的BPR、职能机构部门之间的BPR和企业与企业之间的BPR。
1、职能机构内部的BPR。企业手工业务处理流程必然存在很多重复或无效的业务处理环节，各职能管理机构重叠、中间层次多，而这些中间管理层一般只执行一些非创造性的统计、汇总、填表等工作，很多业务处理方式已不能适合计算机信息处理的要求。B2B的电子商务将企业整个经营各环节都放在网络上进行，进行信息化管理，取消了许多中间层，必然带来职能部门内部的BPR。
2、职能机构部门之间的BPR。企业要实现真正的电子商务，并不是只要实现了网上订单、网上支付就可以了。如果只是这一段电子化了，而后续的采购、生产、库存、订单确认等供应链环节无法电子化，企业经营整体上还是体现不出效率提高及成本降低，这就要求企业内部各部门之间进行BPR，以实现全过程的信息化管理。
3、企业与企业之间的BPR。这个层次的BPR是目前企业流程重组的最高层次，也是B2B的电子商务有效实施的必要条件。由于供应链已经不再局限于企业内部，而是延伸到供应商和客户，甚至供应商的供应商和客户的客户，使得管理人员控制企业的广度和深度都在增加。供应链上各企业之间的信息交流大大增加，就要求企业之间必须保持业务过程的一致性，这就要求企业与企业之间必须进行BPR，以实现对整个供应链的有效管理。
B2B电子商务模式实现了在整个产业乃至全球的供应链网络上的增值
在供应链上除资金流、物流、信息流外，根本的是要有增值流。各种资源在供应链上流动，应是一个不断增值的过程，因此供应链的本质是增值链。从形式上看，客户是在购买企业提供的商品或服务，但实质上是在购买商品或服务所带来的价值。供应链上每一环节增值与否、增值的大小都会成为影响企业竞争力的关键。所以，要增加企业竞争力，就要求消除一切无效劳动，在供应链上每一环节做到价值增值。以往的ERP、B2C的电子商务都只实现了本企业的供应链上的增值，而B2B的电子商务利用ERP、电子商务套件和CRM等WEB技术，将上下游企业组成整个产业系统的供应链，并且与其他企业、产业的供应链相连接，组成了一个动态的、虚拟的、全球网络化的供应链网络，真正做到了降低企业的采购成本和物流成本，在整个供应链网络的每一个过程实现最合理的增值，并且最重要的是提高企业对市场和最终顾客需求的响应速度，从而提高企业的市场竞争力。