一、我们在使用磁盘碎片整理程序之前，一定要先把所有已经打开的应用程序都关闭，因为一些程序在运行的过程中可能需要反复地读取硬盘中的数据，这样有可能就会影响碎片整理程序的正常工作，在系统不稳定的情况下甚至还会导致死机现象发生。因此，我们为了加快碎片的整理速度，最好把各个正在运行的程序关闭掉。
二、如果硬盘的容量或者分区的容量比较小的话，我们对它们进行碎片整理工作需要的时间不会过长，但对于一些塞满数据的大硬盘和分区来说，要完全整理一遍，恐怕需要一个漫长的等待过程。所以，我们在整理这些大容量的硬盘或者分区时，可以采取下面两种措施：首先我们可以将Windows9x系统自身附带的整理程序中的优化参数关闭，来加快碎片整理的速度，但这种方法的效果可能不会很明显。另外一种方法是，我们可以使用专用的碎片整理工具来对硬盘或者分区进行整理工作，例如笔者目前使用的Vop99整理碎片的速度就非常快，如果我们每天都使用Vop99整理碎片，我们的磁盘将在几分钟内得到优化，我们的系统也能一直保持最佳的状态，笔者建议大家使用Windows的计划任务程序，至少每周自动运行一次Vop99。如果大家对这个软件感兴趣，可以到htt://www.goldenbow.com下载Vop99的试用版程序。
三、在前面我们已经开始说过，在进行磁盘碎片整理工作之前，必须要关闭屏幕保护程序，否则碎片整理程序会反复地启动，但是每次都需要我们通过人工的方式来关闭应用程序，可能比较烦琐，在这里笔者就诉大家一个小窍门，那就是通过修改注册表来实现自动关闭屏幕保护的方法，具体操作步骤如下：首先，在命令行中使用regedit命令来打开win9x系统的注册表窗口；接着在该窗口中，用鼠标依次单击如下键值：HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets，然后在此路径下寻找一下是否有Defrag键值，如果没有 Defrag键，就新建一个，系统默认状况下都有此键值。在Defrag键值下再新建一个名为 Settings 的主键，然后再在此新建的主键下建立一个名为 DisableScreenSaver 的主键，最后将它的默认字符串值改为YES即可。以后每次运行磁盘碎片整理时都会自动屏蔽掉屏幕保护，运行完又会恢复，这样就显得省力多了，也不需要我们来回不停地移动鼠标了。
四、我们知道，如果大量碎片存在Ｃ盘之中，可能会影响系统的启动速度。为了能加快系统的启动速度，我们应该尽量减少Ｃ盘中的碎片。在Win95／98系统中，当应用程序所需的物理内存不足时，默认情况下系统会在硬盘C：\WINDOWS系统目录中产生一个文件名为WIN386.SWP的临时交换文件，用该文件所占用的硬盘空间虚拟成内存，即使我们什么也不做，只是打开电脑，该文件也一样存在。很显然，虚拟内存管理程序会对硬盘频繁读写，产生大量的碎片，这是产生硬盘碎片的主要原因。由于我们用户习惯将Win95／98系统和应用程序分别安装在C:\WINDOWS和C:\ Program Files目录下。为避免临时交换文件在C区频繁读写产生的大量的碎片，我们可以将临时交换文件指定在其它分区生成，具体操作步骤如下：首先打开“控制面板”窗口，在该窗口中再用鼠标双击“系统”图标，在弹出的对话框中单击“性能\虚拟内存”，选择“用户自己指定虚拟内存设置”选项，再从“硬盘”选项中选择D：\（注意：D区可用空间不可小于100MB），最后单击“确定”按钮。重新启动系统，我们就会发现WIN386.SWP临时交换文件已经生成在D区的根目录了，也就是说临时交换文件以后只会在D区产生大量的碎片，从而加快系统的启动速度。
五、在使用IE浏览器来上网冲浪时，为了能花很少的钱来访问更多的信息，我们用户常常会采取离线浏览技巧来访问信息。而且每次上网后，IE浏览器将会在C：\WINDOWS\Temporary Internet Files目录中留下许多临时文件，如果我们频繁地上网冲浪的话，IE浏览器可能会在该目录下生成大量的临时文件，同样会对硬盘频繁读写，产生大量的碎片，从而影响信息访问的速度。为了避免浏览器在读写这些临时文件时产生大量的碎片，我们可以将临时目录指定到其它分区。具体操作过程如下：首先在D分区中建立一个临时文件的存放目录，接着用鼠标打开“控制面板”窗口，在该窗口中再用鼠标双击“Internet选项”，在弹出的对话框中单击“设置\移动文件夹”，最后选择D分区中指定的目录即可。经过这样设置后，IE浏览器生成的大量临时文件只会在D区上产生碎片。
六、我们在实际使用的过程中会发现，如果硬盘的剩余空间太小的话，运行应用程序的速度将会变慢，磁盘碎片整理也很难进行。所以，对于比较小的磁盘分区最好保持15％以上的可用空间；对于比较大的磁盘分区最好保持5％以上的可用空间；对于引导分区，至少要有40MB以上的可用空间。另外在使用电脑的过程中，我们应该及时释放浪费的磁盘空间，例如包括清空回收站、删除上网后的历史记录以及删除临时文件夹和文件。